得益于广电优势资源的同时，广电新媒体视频网站也受到广电原有体制的掣肘。尽管已尝试将其经营性产业从行政体制中剥离出来，但“一套人马两套班子”的管理方式不能真正地实现政企分开，权责分明，其市场化行为依旧受到行政约束。在人员配置、分配机制方面，传统广电管理模式与其他视频网站管理模式相比依旧落后，人才流失严重。
一般认为，广电丰富的内容资源是广电新媒体视频网站得天独厚的优势，然而这种优势在实际操作中并不能直接转化为竞争力，广电媒体的内容虽广泛但缺乏代表性品牌，交互性弱，不能适应网络碎片化消费方式。随着影视剧“先网后台”模式开启，越来越多出色团队和优质资源向其他视频网站倾斜，诞生了许多精品综艺节目，如《偶像练习生》《创造101》等，广电新媒体视频网站的优势正在消失。此外，版权意识薄弱也导致广电自制的优质内容极易被其他视频网站非法转载，大大削弱了广电新媒体视频网站的传播影响力。
目前，绝大多数广电新媒体视频网站的主要收入来源仍是广告业务，面对高昂的运营成本，不少广电新媒体视频网站也尝试启用付费模式，但因内容枯燥、收视率低而无法维持。