一是网站建设统一标准缺位。县级政府网站建设缺少统一标准，建设管理和运行维护随意性较大，不同网站开发公司在功能设计、页面布局等方面差异性大，仍存在标准缺失，或已有标准未严格落实的现象。调研发现，同一地市不同县区门户网站在网站标识、页面展示等方面均存在不小差距，质量参差不齐，不便于群众查询和使用。
二是网站建设管理水平不高。网站的定位不科学，13个县区政府门户网站普遍存在栏目设置复杂，页面布局不合理，不便于用户使用等现象。栏目名称含义模糊，栏目之间往往纵横交错，内容重复。首页内容琳琅满目，但背后却“囊中羞涩”，公开内容不全面。网站站点地图与网站实际架构严重不符等。这些问题的存在，反映了政府门户网站顶层设计不科学、管理不到位、技术投入不足、安全防范水平不高等问题。
三是网站组织保障制度不健全。网站内容更新、信息发布、协调联动、信息内容建设管理等保障机制不完备，或网站管理制度执行不到位，部分县区制度和落实“两张皮”，制度很完善，但真正落实起来又偷工减料，效果大打折扣。同时，网站运维资金投入不足，且维护技术力量薄弱，缺少一支专业、高效、技术全面的运维团队。政府维护网站的投入不足，在一定程度上制约了网站的服务能力。