在自然资源部门户网站网页归档流程中，网页电子文件管理系统根据一定的策略（包括频率、层级、范围等）抓取门户网站内容管理系统发布的网页信息，并在网页电子文件管理系统中建立完整副本，经页面逻辑关系梳理、元数据信息整合，最终生成网页归档文件，定期向部数字档案室汇交。
部数字档案室接收到归档交换数据包后，根据元数据信息把对应的归档文件保存在预定义的分类方案中，开始归档文件的长期保存管理。
这种由网站管理部门采集并按照一定格式汇交到档案管理机构的归档方式，可以明确不同机构对网页归档的职责分工，确保了网站文件归档的真实性、完整性和权威性。